生存挑战选择忍者的核心原则是“先用不熟练或战力较低的忍者探路，再把高胜率、操作顺手的忍者留到后段”，不要单纯按照S、A、B评级排序。该玩法一次最多派出12名忍者，忍者战败后当天通常不能再次出战，因此选择重点不是单场爆发，而是保证整轮拥有足够的接力次数。进入关卡前先查看敌方守关忍者、等级和战力，再把能稳定起手、连招简单、具备远程消耗或抓取能力的角色排在前面；高练度主力、擅长反打的忍者放在后面，用来处理后期高战力据点。
新手阶段应优先选择熟悉操作且技能命中率高的忍者，而不是强行追求稀有度。拥有6名以下可用忍者时，先把所有能稳定通关的角色列入名单，前几场使用普攻范围大、技能冷却短、容易控制敌人的忍者；拥有8至12名忍者后，再按照“消耗位、稳定位、主力位”分组。消耗位负责前段据点，哪怕只能打掉敌方一半血量也有价值；稳定位用于处理中等战力敌人，要求至少能独立完成一套连招；主力位留给最后几场，优先安排自己最熟练、拥有抓取或持续压制能力的忍者。
面对不同敌人时，应根据技能特点调整出场顺序，而不是固定使用同一套名单。敌人偏近战、突进频繁时，优先选择有远程技能、位移或抓取的忍者，开局拉开距离再反击；敌人技能范围大时，选择机动性高、能够快速贴身或绕后攻击的角色；敌人替身术和奥义释放频繁时，不要把最强忍者第一时间投入，先用前排忍者骗出对手替身和通灵兽，再让主力进场收割。若上一场结束时某名忍者只剩约30%生命值，除非敌方已经被削弱到容易处理，否则应把他视为一次性消耗位，避免依赖残血角色挑战关键据点。
实战中应先用通灵兽、远程技能或短距离试探逼出敌方替身，确认对手进入可攻击状态后，再衔接普攻、技能和奥义；对手替身未交之前，不要贸然使用唯一突进技能或高伤害奥义。每场战斗都要尽量保留替身术，受到连续攻击时及时脱离，避免为了贪一套连招损失整名忍者。若开局失误且尚未造成有效消耗，可以暂停退出并重新挑战；若前一名忍者已经骗掉敌方通灵兽或打掉大量生命值，则应让下一名忍者继续接战，不要轻易重置。按照“弱者前置、主力后置、针对选人、逐场消耗”的顺序安排，低战力玩家也能提高通过据点数量，高战力玩家则能减少主力过早损耗。
