元气骑士的秘密关卡主要有沼泽、溶洞和墓穴三处，分别对应森林、冰原和遗迹路线，进入条件都与第一大关的特殊房间或隐藏通道有关，并不是在大厅里直接选择。想提高成功率，应先确认当前路线：走森林就寻找奉献池，走冰原就观察首领房间是否有被冰封的侧路，走遗迹则查看首领房间旁是否生成机关房。秘密关卡属于随机出现内容，同一局没有看到对应入口时，不能通过普通战斗强行刷出。
森林路线进入沼泽最稳定，找到奉献池后先清空房间敌人，再把暂时用不到的武器投入池中。奉献点达到12点后，森林1-5的首领会固定变为变异哥布林祭师；不同品质武器贡献不同，白色、绿色、蓝色、紫色、橙色和红色武器通常分别提供2、3、5、9、10和12点，投入红色武器可直接填满进度。献祭前不要丢掉唯一的主力武器，优先使用重复掉落或属性较差的装备；击败变异哥布林祭师后，选择区别于普通出口的深绿色隐藏传送门即可进入沼泽。沼泽会持续减速，血量和护甲不足时不建议为了探索强行进入。
冰原路线进入溶洞需要先在1-5首领房间确认是否存在被冰封的额外通道，看到侧路后再击败首领；胜利后会从上方落下一个牢笼，清完房间敌人才能打开牢笼，随后与矿工对话，等矿工走到冰封通道处挖开道路，沿着新路走到洞口即可进入。没有侧路时，击败首领也不会补出矿工入口，因此不要把普通出口误认为溶洞入口。溶洞地面覆盖冰面，近战突进、持续移动和需要精准停步的武器更容易失控，初次挑战建议携带能清弹幕的近战武器、控制技能或高爆发远程武器，并在进入洞口前补满生命、护甲和能量。
遗迹路线进入墓穴需要在1-5首领房间旁遇到机关房，击败首领后沿额外通道进入，靠近石门并交互启动符文谜题。解题时要让相同图案两两连通，同时让线路覆盖棋盘全部格子，限时内完成后石门会打开，穿过传送门即可进入墓穴；若不擅长连线，可使用“一拳”或其他能对门后区域造成单次500点以上伤害的攻击直接破门。新手优先选择普通模式熟悉入口，熟练玩家再尝试吊炸天；准备探索沼泽时重视移速和护盾，挑战溶洞时重视控场和稳定输出，进入墓穴则提前保留高伤害武器。
